Baterie w e-papierosach są źródłem zasilania elektrycznego oraz odpowiadają za sterowanie ich pracą. To właśnie od nich w głównej mierze zależy typ i wielkość papierosa elektronicznego. Użytkownicy dokładnie analizując ich właściwości mogą wybrać dla siebie najbardziej dogodny model. Najmniejsze baterie mają około 280 mAh i są wykorzystywane w niewielkich e-papierosach o ograniczonych właściwościach i możliwościach. Najpopularniejsze są akumulatorki o pojemnościach pomiędzy 900 a 1100 mAh. Spotkamy je w większości dostępnych zestawów oferowanych przez znanych producentów. Na rynku znajdziemy także modele o większych pojemnościach takich jak 1300 mAh. Większość baterii posiada napięcie znamionowe 3,7 V. Niezależnie od właściwości, baterie są stosunkowo tanie w eksploatacji i proste w obsłudze. Do ich ładowania wystarcza zwyczajne gniazdo elektryczne lub wejście USB w komputerze.

Rozpiętości czasu są bardzo duże i w głównej mierze zależą od pojemności akumulatorka oraz częstotliwości palenia. W przypadku najmniejszych baterii o pojemności 240 mAh (e-papierosy o małym rozmiarze), czas maksymalnej pracy może wynosić od jednej do kilku godzin. Akumulatorki o pojemności 650-1300 mAh (e-papierosy o większych rozmiarach) starczają na kilka godzin lub nawet dni. Podczas wyboru baterii i rozmiaru e- papierosa najlepiej sugerować się zatem częstotliwością swojego palenia.

Akumulatorki różnią się sposobami załączania urządzenia. Może być ono włączane ręcznie za pomocą przycisku lub automatycznie przez czujnik. Do automatycznego załączenia dochodzi podczas zaciągania się przez e-palacza. Wiele modeli papierosów elektronicznych wyposażonych jest w zabezpieczenie przed zbyt częstym korzystaniem lub zbyt długim zaciągnięciem. Ma ono za cel ochronę grzałki w clearomizerze, która mogłaby ulec przepaleniu. Odpowiedni bezpiecznik wyłącza wtedy urządzenie na czas niezbędny do ostudzenia. Włączniki automatyczne mogą reagować na przepływ powietrza lub dźwięki wydawane podczas zaciągania się. Praktycznie wszystkie modele posiadają również specjalne zabezpieczenie przed przypadkowym włączeniem i rozładowaniem urządzenia. E-papierosa uruchamia się i blokuje za pomocą kilku szybkich kliknięć.